Ifølge påtalemyndigheten er mannen mistenkt for å ha utført seksuelle handlinger mot barnet på skoleområdet 28. april. En annen ung mann, 19 år gammel, er også under etterforskning som mistenkt medskyldig.
Myndighetene har ennå ikke avklart hvordan de to mennene skal ha fått tilgang til skolen.
Ifølge en nyhetskilde er den 19 år gamle mistenkte anklaget for å ha holdt barnet nede mens 20-åringen skal ha utført overgrepet.
Barneofferet fortalte sin eldre søster om angrepet to dager senere, noe som førte til at foreldrene hennes kontaktet politiet. Familien skal ha sporet den afghanske mistenkte til et hus og varslet myndighetene.
Den 20 år gamle mannen ble arrestert 4. mai og har blitt holdt i varetekt.
Statsadvokatembetet i Koblenz bekreftet overfor SWR at den pågrepne mistenkte er afghansk statsborger. Aktoratet sa også at han blir etterforsket for en annen påstått seksuallovbrudd og tidligere har blitt bøtelagt for å ha besittet en pistol uten nødvendig våpenlisens.
Politiet i Koblenz sa at de offentliggjorde saken etter at falske bilder og rykter om en påstått gjerningsmann begynte å spre seg på sosiale medier.
Skolen som var involvert er i kontakt med politiet og har opprettet et kriseteam for å kommunisere med elever og foreldre.